Значительная часть древней Фанагории затоплена морем. С 1999 г. в рамках Таманской экспедиции начал работать подводный отряд, который систематически обследует морское дно в районе этого памятника, в том числе с применением самой современной аппаратуры.
В 2004 г. было сделано очень важное для науки открытие: в один из дней неподалеку от западной границы памятника на расстоянии около120 мот берега был обнаружен угол мраморного блока, который давал надежду на находку необычного объекта. Дно в этом месте покрыто слоем песка и небольшим количеством водорослей. В результате расчистки грунтососом небольшого участка морского дна обнаружилась следующая картина. Под слоем песка находилось скопление камней, среди которых обнаружили строительные блоки, архитектурные детали, обломки мраморных статуй. В результате планомерной расчистки участка стало ясно, что сделано поистине сенсационное открытие: это был ряж или подводный фундамент, на котором в древности было построено какое-то портовое сооружение (например, пирс или маяк). В Средиземноморье такие сооружения редки и, как правило, сохраняются фрагментарно. Исключением являются остатки портовых сооружений в столице иудейского царя Герода (Ирода) Великого Кесарии (средиземноморское побережье Израиля). Фундамент был построен в виде своеобразной клетки из бревен, которая была заполнена камнями вторичного использования.
Обломки мраморных статуй, некогда стоявших на площадях Фанагории, архитектурные детали храмов с великолепной и сложной резьбой, орнаментированные надгробные плиты с различными сюжетами. И надписи на древнегреческом языке. Выбитые на мраморных плитах документы являются наиболее желанной находкой, потому что это живое слово в мире безмолвной археологии.
Полностью сохранились четыре надписи: посвящение царя Аспурга; о восстановлении портика; постамент под статую с посвятительной надписью царю Савромату II; надгробие жены Митридата VI Евпатора.