Четыре "неполных", деморализованных легиона...
Аррю IV, 131. Увидев, что и на следующий день остались вражеские засады, и имея неполных четыре легиона, поднявшихся вместе с ним на гору, Брут сам остерегся идти к воинам, а послал к ним их начальников; последние были смущены допущенной ими ошибкой и раскаивались в ней; Брут поручил им выяснить, хотят ли солдаты прорваться через засады и возвратить себе свое имущество, пока еще оберегаемое оставшимися друзьями. Солдаты, безрассудно выступившие в бой и проявившие в нем большую храбрость, теперь, под влиянием того, что бог уже повредил их разум, недостойным образом ответили своему полководцу: «Пусть он решает сам про себя; мы же, многократно подвергавшиеся испытаниям судьбы, не хотим терять последнюю надежду на примирение».
Ненадежные азиатские сатрапы и цари...
App. IV, 133 Пользовались они содействием царей и династов, также и парфян, хотя последние и были враждебны римлянам: их они употребляли только для менее значительных дел, к участию же в более крупных предприятиях не допускали, чтобы не приучать племя варварское и враждебное к слишком большой близости к римлянам.

Флот и деньги были, но не было воли их использовать. А союзники... Видимо, для Брута они таковыми не являлись...

Вспомните, кто был кумиром Брута...
Это Кассий мог пойти на все и пройти по головам, чтобы добиться своего, а Брут...
Да и с кем ему "координироваться"?

После второй битвы при Филиппах для его "республиканской идеи" все было кончено. Любой союзник, которого он мог тогда найти, не разделял его убеждений.

Катон.
Что касается подмены - я ее не вижу. Напротив, Брут действовал в соответствии со своей "республиканской идеей".

"Республиканская идея" Брута - это уверенность в том, что республика создана для трех десятков аристократических родов, представители которых по факту рождения имеют все возможные блага, а остальные для этих аристократов - кормовая база. Проблема Цезаря для Брута не в том, что он хотел стать царем, а в том, что Цезарь активно размывал аристократию новыми людьми и мешал брутам воспринимать республику как их общую собственность.
Республика Брута - это не республика для всех, а республика для аристократов.

Если к этому замесу добавить тех людей, которые сильно повлияли на мировоззрение Брута и набор предков - примеров для подражания, то все станет ясно. После поражения при Филиппах "республика Брута" стала недостижимой и он решил уйти. Не к Сексту Помпею же ему было бежать... Бруту проще умереть, чем стать на одну доску с Менодором и Менекратом.

Совершенно верно.
Добавьте гены - прадед Брута - "герой" Араузиона и золота Толозы.

Так и есть. Но еще раз подчеркну - для Брута неприемлимо получать почести не по праву рождения, а от кого-то, и для Брута неприемлимо получать те же почести, что и условный "менодор".
Что касается предательства и прощения, то второе было, а вот первое?..

Между враждой и предательством - большая разница.

Цезарь-то простил, а вот ни Антоний, ни Фульвия-Цицерона не простили. 
А вот  Бруту Антоний высказал уважение (правда, к мёртвому). 

Не противоречит ли Аппиан сам себе, давая в той же 4-ой книге такую инфу:
Мессала, молодой человек благородного происхождения, бежал к Бруту. Опасаясь его высокомерия, триумвиры издали следующий эдикт: «Поскольку Мессала, как доказали нам его родственники, даже и не был в Риме, когда убит был Гай Цезарь, он исключается из списков осужденных». Однако Мессала не воспользовался этим прощением. Когда же Брут и Кассий пали во Фракии, а войско их было еще многочисленно, был и флот и деньги, были и большие надежды, войско избрало полководцем Мессалу; но последний, отклонив это избрание, убедил их покориться непреодолимой судьбе и присоединиться к армии Антония. Он был с Антонием в дружеских отношениях до тех пор, пока не завладела Антонием Клеопатра; тогда он в неудовольствии на него перешел на сторону Цезаря. Последний назначил его консулом вместо самого Антония, смещенного по постановлению народа, когда он вторично был объявлен врагом отечества. После того как Мессала был командиром военных кораблей в битве при Акциуме против Антония, Цезарь послал его
против отложившихся галлов и после одержанной им победы даровал ему триумф.
В принципе, военные силы и финансирование были, полководческое умения Мессала проявил-почему бы и не стать новым лидером оппозиционеров?