И римский титул caesar записывался соответственно на койне как кайсар.
И буква каппа (К) в слове Кайсар звучала однозначно также, как и русская К.
Возможно, такое произношение закрепилось в русском языке из-за немцев, которые в 18 веке "принесли культуру в Россию".